اداره حسابرسی و گزارشگری مالی سازمان بورس و اوراق بهادار همراه با نامه ای به تاریخ 1/10/1390 «دستور‌العمل کنترل‌های داخلی برای ناشران پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران» را برای دبیر کل محترم جامعه حسابداران رسمی ارسال و از ایشان در خواست کرده که حد اکثر ظرف مدت 20 روز نظرات پیشنهادی جامعه حسابداران رسمی به سازمان بورس ارائه شود (مهلت اظهارنظر نسبت به پیش‌نویس استانداردهای حسابرسی تهیه شده توسط سازمان حسابرسی حدود 3 ماه و فدراسیون بین‌المللی حسابداران حدود 5 ماه است.)

دستور‌العمل مزبور در سه فصل شامل تعاریف، چارچوب کنترل‌های داخلی و گزارش هیات مدیره در مورد کنترل‌های داخلی بوده و در بخش پایانی دستور‌العمل نمونه گزارش کنترل‌های داخلی که باید توسط هیات مدیره ارائه شود و همچنین نمونه گزارش حسابرس مستقل به مجمع عمومی صاحبان سهام نسبت به کنترل‌های داخلی حاکم بر گزارش‌های مالی آورده شده است.
اگر چه ادعای استقرار کنترل‌های داخلی مناسب و اثر بخش توسط هیات مدیره و اظهار نظر حسابرسان نسبت به این ادعا در ارتقای شفافیت اطلاعاتی بازار سرمایه و افزایش اثر بخشی و کارآرایی عملیات و رعایت مقررات گزارشگری مالی ضروری و مفید است، اما ذکر چند نکته در این خصوص ضروری است.
قسمت اول این دستور‌العمل که مربوط به تعاریف و وظایف هیات مدیره و نوع گزارشگری ایشان نسبت به کنترل‌های داخلی است موضوع این نوشتار نیست و هیات مدیره شرکت شاید بخواهد چنین ادعایی را مطرح کند، مواردی که در ذیل مطرح می‌شود مربوط به حسابرسی کنترل‌های داخلی و گزارشگری آن است. نمونه گزارش حسابرسی ارائه شده در دستور‌العمل اقتباس از بخشی از نمونه مندرج در بند 87 استاندارد شماره 5 هیات نظارت بر حسابداری شرکت‌های سهامی عام آمریکا (PCAOB) است. در نمونه گزارش حسابرسی مندرج در دستورالعمل سازمان بورس دو بند از گزارش اشاره شده در استاندارد یادشده، در رابطه با تعریف کنترل‌های داخلی و محدودیت‌های ذاتی کنترل‌های داخلی که اتفاقا در کاهش فاصله انتظارات استفاده‌کنند‌گان از گزارش حسابرسی و محدودیت‌های حسابرسی موثر است، حذف شده است.
PCOAB بر اساس قانون ساربنزآکسلی به منظور نظارت و تدوین مقررات بر موسسات حسابرسی مسوول رسیدگی به شرکت‌های سهامی عام تاسیس شد. این قانون در سال 2002 و در واکنش به رسوایی‌های مالی چون انرون در آمریکا تصویب شد و بعد‌ها قوانین مشابهی در کشور‌های ژاپن، آلمان، فرانسه و غیره مورد تصویب قرار گرفت. قانون ساربنز آکسلی شامل 11 فصل است و مواردی از جمله مسوولیت‌های هیات مدیره و مباحث مربوط به حسابرسی شرکت‌های پذیرفته شده در بورس آمریکا را در بر می‌گیرد. استاندارد شماره 5 منتشر شده توسط PCAOBدر اجرای فصل 404 قانون سار بنز آکسلی تدوین شده است. فصل 404 قانون یادشده که مربوط به ارزیابی کنترل‌های داخلی است همواره یکی از بحث‌انگیز‌‌ترین فصول این قانون بوده، زیرا اجرای آن مستلزم تحمل هزینه‌های بسیار برای شرکت‌ها شده است. بر اساس تحقیقات انجام شده شرکت‌های آمریکایی پذیرفته شده در بورس آمریکا(SEC) به طور متوسط حدود 2 درصد درآمد خود را برای انطباق با این ماده و استقرار کنترل‌های داخلی هزینه کرده‌اند. این هزینه‌ها در سال 2007 بالغ بر 3 میلیارد دلار بوده است. البته نتایج تحقیقات بیانگر آن است که منافع این انطباق بر مخارج آن فزونی داشته است. استاندارد شماره 5 که جایگزین استاندارد شماره 2 شده است، حسابرسی و گزارشگری مربوط به کنترل‌های داخلی را در بر می‌گیرد. این استاندارد شامل 98 بند و سه پیوست است و شامل مباحثی از جمله بر‌نامه‌ریزی، روش ارزیابی کنترل‌های داخلی، آزمون کنترل‌ها، ارزیابی نارسایی‌ها و گزارشگری است. از تاریخ تصویب این استاندارد در سال 2007 به دلیل مشکلات موجود و به‌رغم رهنمود‌های تهیه شده توسط PCAOB و SEC الزام به اجرای کامل آن تا سال 2010 به تعویق افتاد.
استاندارد اشاره شده ناظر بر شرکت‌های پذیرفته شده در بورس آمریکا است و تا کنون استانداردی در این خصوص توسط فدراسیون بین‌المللی حسابداران (IFAC) منتشر نشده است. این استاندارد برای شرکت‌هایی است که سال‌ها حاکمیت شرکتی را تجربه کرده و در اجرای قانون با صرف هزینه‌های بسیار چارچوب کنترل‌های داخلی خود را برای حسابرسی آن آماده کرده‌اند. استاندارد فقط به چگونگی کنترل‌های داخلی ناظر بر گزارشگری مالی محدود نمی‌شود و از آنجا که چارچوب کنترل‌های داخلی ناظر بر گزارشگری مالی محدود نمی‌شود و از آنجا که چارچوب کنترل‌های داخلی یکپارچه موسوم به COSO به عنوان معیار ارزیابی کنترل‌های داخلی در نظر گرفته شده است، ارزیابی کل ساختار از جمله محیط کنترلی، ارزیابی ریسک، فعالیت‌های کنترلی، اطلاعات و ارتباطات و نظارت را نیز در بر می‌گیرد. این مفاهیم البته در متن دستور‌العمل پیشنهادی سازمان بورس اوراق بهادار تهران نیز گنجانده شده است.
کنترل‌های داخلی حاکم بر گزارشگری مالی در قالب چارچوب در بر گیرنده آن (چارچوب COSO یا مشابه آن) مفهوم پیدا می‌کند و به طور مجرد قابل ارزیابی نیست. فرم گزارش حسابرسی جزئی از استاندارد حسابرسی مربوط به آن موضوع است. مسوولیت تدوین استاندارد‌های حسابرسی با سازمان حسابرسی است. شرکت‌های پذیرفته شده در بورس در حال حاضر به دلیل ساختار‌های موجود در هیات مدیره، نبود کمیته حسابرسی و حسابرسی داخلی اثر بخش، فاقد محیط کنترلی مناسب هستند. تا استقرار مفاهیم بنیادی حاکمیت شرکتی و ایجاد محیط کنترلی و کنترل‌های داخلی مناسب در سطح شرکت و تا انتشار استاندارد حسابرسی مربوط به کنترل‌های داخلی و همچنین تدوین رهنمود‌های لازم، صدور گزارش مورد نظر سازمان بورس توسط حسابرسان امکان‌پذیر نیست.