الف - بالا بودن ضرایب مالیاتی علی الراس برای وارد کنندگان کالا .

ب -- کاهش ارزش پول ملی که صرفه و سود واردکنندگان کالا را کاهش می دهد .

ج -- فقدان نرخ ثابت و استاندارد برای فروش محصولات وارداتی و یا تنوع و غیر قابل اثبات بودن آن .

د -- مشکلات نقدینگی بخاطر پرداخت نقدی مالیات (و عوارض) بر ارزش افزوده در گمرک .

ه -- مشکلات فرآیند رسیدگی , حسابرسی و دادرسی مالیاتی و تشخیص درآمد مشمول مالیات واردکنندگان از قبیل :

یک - احتساب مالیات مضاعف :

مشاهده گردیده است در برخی موارد ماموران تشخیص درآمد مشمول مالیات  یک بار بر اساس کل مبلغ کوتاژ ( برگه سبز گمرکی ) با اعمال ضرایب مالیاتی , درآمد مشمول مالیات وارد کننده را تشخیص داده و افزون بر این برای خرید و فروش کالا یا خدماتی که در راستای واردات و توزیع همان کالا از طریق سامانه گزارشات فصلی توسط طرف حساب های واردکننده مبالغی ( به عنوان مثال صورتحساب ترخیص )  ضمن پرداخت مالیات بر ارزش افزوده آن گزارش شده است را نیز به درآمد مودی اضافه نموده اند .

دو - نبود شناخت جامع و کافی حسابداران مالیاتی , برخی مودیان و حتی برخی ممیزان مالیاتی  از قوانین و روش های دادرسی جدید مالیاتی که با توجه به تغییرات همه جانبه چندان دور از انتظار نمی باشد .

سه - فقدان رویکرد مالیاتی شفاف : 

سیاست مناسب مالیاتی از جنبه و نظرگاه روش های جدید دادرسی مالیاتی توسط برخی از وارد کنندگان محترم هنوز تصمیم گیری و اعمال نشده است . در نتیجه با در پیش گرفتن برخی روش ها از قبیل ارائه یا اخذ فاکتور رسمی صوری ممکن است گردش (یا کسب و کار صوری ) اضافی و مضاعف ایجاد گردیده و هزینه بیشتری به مودی تحمیل گردد , هر چند که بلحاظ عدم تحلیل مورد به مورد و تفکیکی مالیات , عوارض و جرایم پرداختی , خسارت وارده به درستی شفاف و تعیین نگردیده و در نهایت مودی نمی تواند مبالغ پرداختی را با درآمدهای تحصیل شده مرتبط یا بالانس نماید و بنابراین مبالغ پرداختی شاید برای وی بیشتر جنبه پرداخت های اجباری را بیابد تا مالیاتی که متناسب با درآمد  از وی دریافت می گردد .

چهار - مشکل نبود مدارک رسمی و قابل ارائه (مُثبِته) : 

هر چند واردکنندگان نیمی از فعالیت کسب و کارشان با عبور از گلوگاه مبادی رسمی ورودی و گمرکات کشور مستند سازی شده و خواسته یا ناخواسته شفافیت و سندیت می یابد اما از این مرحله به بعد بیشتر طرف های تجاری آن ها در فضای کسب و کار کنونی  تمایل چندانی به مستند و شفاف سازی داد و ستد و فعالیت اقتصادی خویش نداشته و بنابراین واردکنندگان برای ثبت یا اثبات این قسمت از فعالیت های شان دچار مشکل گردیده و ممکن است حتی به اشتباه ناگزیر از داد وستد فاکتور صوری گردند .

 با توجه به مطالب فوق و توجه به این واقعیت که رویارویی مودی با دارایی به تدریج از شکل "ملزم ساختن مودی به پرداخت مالیات به حکم مواد قانونی غیر قابل انعطاف" خارج گردیده و به ارائه و اثبات واقعیت رخدادها و به اصطلاح حساب و کتاب مالیاتی تغییر می یابد , بنابراین تهیه حساب و کتاب مستند و تحلیل و گزارش بر پایه آن مستندات روز بروز اهمیت بیشتری می یابد .

از طرفی با توجه به اینکه بسیاری از فعالان اقتصادی هنوز به گونه رسمی اطلاعاتی به دارایی ارائه نمی نمایند , لیکن وارد کنندگان قبل از ورود کالا به کشور ناگزیر از ارائه اطلاعات کامل در مورد مشخصات کالا و شرایط معامله و طرف های تجاری بوده اند و در بیشتر موارد برای نمایش درآمد واقعی و تعیین مالیات حقه کسب و کار خویش ناگزیر از تهیه و ارائه لوایح و گزارشات تحلیلی به ممیزان , روسای ادارات , کارشناسان , حسابرسان و اعضای هیت های حل اختلاف مالیاتی یا مجریان قرار های رسیدگی صادره می باشند , حتی در برخی موارد کارکنان دوایر مالیاتی خود , شخصاً , مودیان را به تهیه گزارشات تحلیلی و لوایح مالیاتی تشویق و راهنمایی می نمایند , زیرا آنان نیز مبنایی برای  تعیین مالیات در دست ندارند بنابراین بجای سرگردان شدن در فضای کسب و کاری که بیشتر فعالان از ارائه اطلاعات خودداری نموده یا اطلاعات ارائه شده بر مبنای رقابت ها و ستیزه ها ممکن است جانبدارانه و غیر واقعی باشد ! , ترجیح می دهند ادعای خود مودی را رسیدگی نموده , رد , قبول , یا جرح و تعدیل نمایند ؛ بدین گونه مبنای مشترکی برای توافق یا اقناع یکدیگر پدید می آید .

البته نبایستی از نظر دور داشت که برخی واردکنندگان به لحاظ ماهیت کسب و کارشان فاقد سازمان حسابداری لازم برای تهیه چنین اطلاعات , گزارشات و تحلیل هایی می باشند , بنابراین نقش ارائه کنندگان خدمات حسابداری و حسابداران مالیاتی در این میان برای نهادینه شدن سازوکار و طرح جامع مالیاتی برجسته می گردد .